Question | Answer |
Wektory ekspresyjne: | do produkcji białka rekombinowanego |
Adaptory: | mogą być jednoniciowe, dwuniciowe (zazwyczaj), mogą być niekomplementarne, mogą łączyć koniec 3' z 5' albo 5' z 3' |
Fragment Klenowa polimerazy I E coli: | wykorzystywany w znakowaniu random priming, ma aktywność egzonukleazy 3'-5', do znakowania schowanych 3', dawniej w sekwencjonowaniu |
W procesie vectorette PCR: | wykorzystujemy jednoniciowy adaptor
DNA jest pociete enzymami restrykcyjnymi
wykorzystujemy proces ligacji
wykorzystujemy wektor do powielania DNA |
Wektor binarny: | Może się replikować w E coli i u Agrobact (bo zawarte w nim ori RK2 funkcjonuje zarówno w E. coli jak i w Agrobact – zdolności autonomicznej replikacji u obu gospodarzy)
ma sekwencję homologiczną do Ti
T DNA jest ofiankowane sekwencjami granicznymi |
Właściwość egzonukleazowa 5->3 polimerazy Taq: | sprawia że jest dokładna (1) (frekwencja błędów wynosi 2,2*10-5 na nukleotyd na cykl)
wykorzystywana w TaqMan (1) (jej aktywność egzonukleazy 5’-3’ jest wykorzystywana w technice real time PCR z wykorzystaniem sondy TaqMan) |
Sekwencja TDNA plazmidu Ti | jest oflankowana sekwencjami LB i RB, jest transportowana do jądra komórek rośliny |
Mikromacierze | hybrydyzacja kw. nukleinowych na podłożu stałym |
Markery blisko sprzężone z poszukiwanym genem | u roślin o dużych genomach łatwiej znaleźć poszukiwany gen |
Biblioteki chromosome jumping | - w technice chromose jumping zawsze występują z bibliotekami typu linking
- służą do przenoszenia między odległymi końcami fragmentów restrykcyjnych
-pomagają ominąć niemożliwe do sekwencjonowania fragmenty biblioteki |
Nick translation | do znakowania DNA (1)
DNAza I (1)
używana pol.I E.coli do katalizowania procesu (1)
wykorzystuje właściwość polimerazy I 5’-3’ i egzonukleazy 5’-3’ (1) |
BAC'i (sztuczne chromosomy bakteryjne są to odpowiednio przekonstruowane plazmidy płciowe E.coli) | - mogą występować w systemie binarnym
- wprowadza się je do komórki metodą elektroporacji |
BAC | konstrukcja bibliotek genomowych, które służą do: izolacji określonych genów, mapowania fizycznego, sekwencjonowanie genomu. Klony w BAC’ach są często materiałem wyjściowym do syntezy sond dla eksperymentów FISH tzn. fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ |
RACE PCR: | - matryca to cDNA
- są dwie wersje metody które odpowiadają różnym końcom cząsteczki cDNA: 3’ RACE i 5’RACE) |
Metoda cDNA AFLP (polimorfizm długości amplifikowanych fragmentów cDNA) | - stosujemy do syntezy ds DNA
- wykorzystujemy dwustopniowa amplifikację |
W metodzie real time PCR współczynnik CT to: | wartość ta daje informacje o tym ile kopii docelowej sekwencji dostarczono z matrycą do reakcji |
Starter arbitralny: | druga nić cDNA |
Amplifikacja RNA: | RT-PCR
RACE-PCR |
Synteza dsDNA pełnej długości odbywa się przy pomocy: | Odwrotnej transkryptazy, RnAzy H, fragmentu Klenowa, ligaza |
His Taq w białku rekombinantowym: | -Zwykle nie wpływa znacząco na jego strukturę, funkcje i właściwości (spowodowane jest to małymi rozmiarami ogonka histydynowego tj. His Taq)
-Umożliwia detekcję Western Blot (metoda klasyczna, do detekcji można wykorzystać przeciwciało antyhistydynowe |
YEp: (drożdżowe wektory episomalne) | Zawierają drożdżowy marker selekcyjny (HIS3, LEU2, LYS2, TRP1, URA3. Markery te komplementują (uzupełniają) specyficzne mutacje auksotroficzne)
Mogą się namnażać w komórkach drożdżowych i bakt (wahadłowe aut repl w E.Coli) |
T DNA (transformujące DNA) plazmidu Ti Agrobacterium: | Ma odcinek flankujący prawą i lewą sekwencję(proste powtórzenia o długości 25 nukleotydów)
Jest przenoszone do jądra (bez tego proces nie zakończy się sukcesem z punktu widzenia bakterii. Przenoszenie zachodzi na zasadzie importu jądrowego) |
Somatyczny transfer jądrowy: | Wykorzystuje enukleowane oocyty (przygotowane w warunkach in vitro fibroblasty poddaje się fuzji z enukleowanymi oocytami – czyli oocytami bez jąder) |
Do Vectorette PCR: | Używamy starterów sekwencji znanej i adaptora |
Hybrydyzacja różnicowa: | Służy do klonowania genów o różnym fenotypie (1)
Służy do wykrywania specyficznych transkryptów dla danej linii komórek (1) |
Drożdżowe systemy dwuhybrydowe: | Czy DBD wiąże się z przynętą (1) (ekspresja wektora prowadzi do powstania białka fuzyjnego – jedna jego część odpowiada przynęcie, a druga – domenie DBD)
Czy AD wiąże się z zdobyczą (1) (PRAY-AD) |
W toku testu opóźnienia w żelu (band shift assay): | - Białko oddziałujące z DNA zabezpiecza przed trawieniem przez DNazę I (1)
- Dodanie DNA niewyznakowanego ma konkurować z DNA wyznakowanym o wiązanie z białkiem i powoduje, że sygnał jest słabszy (1) |
Przy konstrukcji bibliotek genomowych: | - Stosujemy elektroforezę pulsową (pulsacyjną kurwy głupie)
- Duża pojemność wektora zmniejsza szanse na znalezienie docelowej sekwencji
- Bazuje na ligacji
- Stosuje się fragmenty restrykcyjne genomowego DNA |
Metoda postępujących (jednokierunkowych) delecji wykorzystuje: | Uniwers starter zakotwiczony w obrębie sekwencji wektora
Trawienie egzonukleaząIII
Można użyć do badania długich fragm
Stosujemy 2 enzymy: 1trawi w pobliżu insertu i generuje końce lepkie5’ albo tępe, 2 leży w oddaleniu od tamtego, robi lepkie końce3’ |
W metodzie FAR WESTERN: | możemy poznać tożsamość badanego białka |