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Biochime General
Examen INTRA 2
| Question | Answer |
|---|---|
| Différence entre acide aminé et résidues | Quand un aa est incorporé dans une protéine, ou quand on l'a obtenu en dégradant une protéine, on devrait l'appeler résidu. Le résidu représente la position d'un aa sur un polypeptide. |
| pH | Mesure de l'activité ionique d'une solution 1) pH = -log (H+) 2) pH = pKa + Log (A-)/(AH) |
| pKa | Constante de dissociation d'un acide - Log (Ka) |
| Eau ionisé (2 formes) | H3O (hydronium) et OH- (hydroxyde) |
| Un acide a un pKa ______ | élevé |
| Pourquoi les acides fort et les bases forte se dissocie facilement en solution? | Puisque leurs pH est extrême, il sont facilement ionisable. |
| Proportion d'Hydrogène dans un pH bas et un pH élevé | pH bas ... + Hydrogène pH élevé .. - Hydrogène |
| Ion hydride | Charge (-) d'un côté et charge (+) de l'autre! Les aa sont des ion hydryde! |
| Stéréomère retrouvé dans les protéines | L |
| Particularité du Glycocolle | - Pas de chaîne latéral - Non-asymétrique - Fréquent dans les régions flexible des protéines |
| Pour avoir une réduction ou une oxydation le pH doit être _____ pour la réduction et _____ pour l'oxydation. | Bas, Élevé |
| Les acides aminés et leur dérive amide ont-il tout les 2 la même chaîne latéral? | Oui |
| Qu'arrive t-il au cycle de l'histidine lorsque le pH est élevé? | L'histidine cède un proton et un de ses azotes sur le cycle a une valence rempli. |
| Les protéines sont formées d!une chaîne d'acides aminés. La chaîne se forme en liant le groupement _______ d'un acide au groupement ________ de l'acide précédent. | groupement aminé groupement acide (carboxyle) |
| Un polypeptide commence au ___ - terminus au ____ - terminus | N-terminal au C-terminal |
| Le plan amide correspond à ... | la liaison polipeptidique ( empêche de tourner ) |
| Séquence primaire | - Séquence en acide aminés - Conformation Cis ou Trans - La structure finale est très dépendante de la structure primaire - Résidu influencé par les autres résidu déjà présent |
| Séquence secondaire | - Repliement immédiat - Hélices et feuillets |
| Séquence tertiaire | Repliement de toute la structure |
| Séquence quartenaire | Association de sous-unités |
| 2 rotations possible autour du carbone alpha | phi et psy |
| Protéine de repliement "CHAPERON" ... Hsp70 | Limite la dénaturation |
| Étapes séquencage de protéine | 1) Coupe pont disulfure avec du Beta-mercaptoethanol et brise les liens polypeptidique par hydrolyse (Pronase) 2) Fait réagir N-terminal avec fluoro-2,4-dinitrobenzene ou PITC 3) Le PITC reagit avec l'amine terminal 4) |
| Comment agi le PITC lors d'un séquencage de protéine? | Agi sur l'amine terminal des protéine en conditions légèrement basique, sont dérivé est ensuite coupé avec un acide fort anhydre (triflurocétique). On identifie le nouveau dérivé thiazolinone sur une colonne. |
| À quoi servent les chaperonts | Aide au repliement des proteines |
| Comment agi le SDS lors de la séparation des protéines selon la masse? Nommez les étapes! | Le SDS déroule la protéine, ensuite on utilise le B-mercaptoéthanol pour briser les ponts disulfure et on chauffe a 100 degres. Ainsi, le SDN collé sur la protéine déroulé donne une charge négative. Dans le gel, les grosses proteines colle l'électrode (+) |
| _______________________ACIDE NUCLÉIQUE___________________________ | |
| 2 caractéristiques de base du matériel génétique | 1) Stock sur un support qui peut être copier 2) Détermine fc de chaques gènes, permet mutation |
| 3 parties d'un nucléotide | Base azoté, Pentose (sucre), phosphate |
| Acide nucléique | Chaîne où alterne un acide phosphorique et un sucre! BAMM |
| Combien peut-ont avoir de phosphates dans un nucléoside | 1,2 ou 3 |
| 4 transformation essentiel par l'ATP (adénosine triphosphate) dans les acides nucléiques | ATP -- ADP (2phosphate) ATP -- AMP (1phosphate) AMP -- Acide nucléique (Aucun phosphate) = pentose + base PPi + H2O = 2 Pi (Catalyser par pyrophosphatase) |
| Lorsque le OH en 3' des nouveaux brins de nucléotides se branche sur le phosphate du carbonne 5' de l'ancien, cette action libère une molécule de _______________. | Pyrophosphate |
| Pourquoi un ADN 2 brin? | Meilleur stabilité et meilleur réparation (se fit sur l'autre brin pour vérifier) |
| Pourquoi dit-on que l'ADN est complémentaire? | 1) Les purines font chacunes des ponts hydrogene avec l'une des pirimidine. (AT = 2) (CG = 3) 2) A toujours avec T .. et C toujours avec G |
| À quoi ressemble de l'ADN déshydraté? | Il a une forme plus condensé (Forme A) 25,5 A |
| Particularité de l'hélice de forme Z | Structure difforme induite dans certaine régions, (de pas gauche) et unités répétitive de 2 nucléotides au lieu de 1 seul! |
| Pourquoi une forme d'hélice | Les bases HYDROPHOBE sont empilé au centre de l'hélice, force Van Der Waal entre les bases. Les sucre.phosphate eux sont très hydrophile, donc ils veulent rester à l'extérieur de l'hélice. |
| L'ADN est hydrophile ou hydrophobe? | Hydrophile! |
| Combien y a t'il de paire de bases par tour dans une hélice d'ADN? Combien mesure cette section? | 10pb 5,4 A |
| Dans le génome humain il y a combien de paires de bases? Et quelle est la masse d'une paire de base? | 3 x 10^9 pb 660g/mol |
| Comment séparer 2 brins d'ADN? | Les 2 brins ne sont qu'attaché que par des pont hydrogène, on peut donc les séparer en chauffant! Un ADN comportant plus de (GC) exige une température plus élevé pour la dénaturer, car il y a plus de liaisons hydrogène à briser (3). |
| Hybridation d'ADN | Un ADN est dénaturé et ensuite un de ses brins rejoint un autre brin convenable. La séquence doit être assez complémentaire! |
| Tm | Température à laquelle 50% d'un bout d'ADN est séparé de son autre brin. Tm augmente en fonction de la concentration en GC. Brin séparé = meilleur absorbtion UV |
| La thymine et la cytidine sont synthétisé à partir de ________ et l' ______ est la base de toutes les synthèse de pyrimidines. | uridine AMP |
| Mécanisme de transformation de l'UMP au CTP | À partir de l'UMP, (ATP + l'ADP) vont le transformer en UDP, encore (ATP + l'ADP) transforme en UTP, et ensuite (ATP + ADP + pi) ... en CTP. |
| Réduction des ribo en désoxyribo | Formation d'H2O lorsque le ribo devient desoxyribo .. un oxygene en moins dans l'ADN. Il y a réduction des pont sulfure (2 hydrogène) qui vont voler l'oxygène du ribose! |
| Mécanisme de transformation de l'UMP au dTMP | L'UMP utilise de l'ATP et libère de lADP pour ainsi formé de l'UDP, qui perd ensuite une molécule d'eau (dUDP) et après un phosphate (dUMP). La thymidylate synthase transforme en dTMP. |
| Y | C ou T |
| R | A ou G |
| M | A ou C |
| W | A ou T |
| S | G ou C |
| K | G ouT |
| B | CGT (ben comique gros toton) |
| D | TAG (Daisy Tag) |
| H | ACT (HACT) |
| V | GAC (gros asti con) |
| Lorsque qu'un mauvais nucléotide vient se coller auprès d'un groupement phophate (OH-) 3' ... peut-il faire un lien? | NON |
| Lors de la transcription, qui décide quel brin est lu? | Le promoteur |
| ARNm ARNt ARNr | ARNm: message codé pour la structure primaire des protéines. ARNt: Transporteur d'acide aminés vers le ribosome, ou les polypep sont synthétisés. ARNr: Infrastructure du ribosome |
| Anticodon | Triplet de nucléotide sur l'ARNt |
| On utilise la phosphoramidite afin de faire la synthese chimique de l'ADN, combien de variété utilise t-ont? Et quel est la particularité du brin synthétisé? | 4 = nb de nucléotides, le bout 5'OH est déphosphorilisé car il n'a pas eu besoin d'ATP et chose importante les BASES AZOTÉS sont à l'ENVERS! (gauche -- droite) |
| Vrai ou Faux: La synthese chimique de l'ADN se fait dans le sens 3' - 5' | Faux ... dans le même sens que sa synthèse naturelle soit 5'-3' |
| Enzymes qui coupe l'ADN | Endonucléase |
| Enzymes qui recolle l'ADN coupé | Ligase, elle a besoin d'une extrémité 5'-PO4 et 3'-OH. |
Created by:
Dayze
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