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Biologie moléculaire
Biologie moléculaire 2 L3 SDV BCM
| Question | Réponse |
|---|---|
| Quels sont les caractéristiques de l'ADN? (Support biochimique, Processus de biosynthèse, Principe de correspondance d'information, Niveau d'analyse et apport, Méthode d'analyse) | 4 dNTPs (A, T, C, G) Réplication duplicative Appariements nucléotidiques (A=T ; C≡G) Génomique : Structure des gènes, structure génétique des populations Séquence génome, Clonage, PCR, Cartographie Hybridations, RFLPs, puces |
| Quels sont les caractéristiques de l'ARN? (Support biochimique, Processus de biosynthèse, Principe de correspondance d'information, Niveau d'analyse et apport, Méthode d'analyse) | 4 NTPs (A, U, G, C) Transcription Appariements nucléotidiques (A=U ; C≡G) Transcriptomique : Effets de l’environnement sur la cellule Clonage cDNA, RT-PCR, Hybridation puce |
| Quels sont les caractéristiques des protéines? (Support biochimique, Processus de biosynthèse, Principe de correspondance d'information, Niveau d'analyse et apport, Méthode d'analyse) | 20 acides aminés Traduction Code génétique (codon>acide aminé) Protéomique : Effets de l’environnement sur la cellule Electrophoresis, SDS-PAGE, Bidimensional, Westerns |
| Qu'est ce que l'ADN? | Postulat très ancien biologie moléculaire. Macromolécule contenant information génétique. Information suffisante pour se répliquer mais pas autonome, besoin d’autres éléments pour se maintenir. Dans noyau Eucaryote. Dans cytoplasme Procaryote. |
| Qu'est ce que l'ARN? | L'ARN provient de la transcription de l'ADN. Il est un intermédiaire qui va être traduit en protéine qui va avoir des fonctions. |
| Quel est la particularité des Virus à ARN? | Ils stockent l'information génétique. |
| Quel est la particularité des prions? | Protéines capables de maintenir une information sur le fonctionnement de l'organisme. |
| De quoi est composé l'ADN? | Un groupement phosphate relié en 5’ à un sucre (ribose), relié à une base azoté. L’ADN est donc une chaine qui va relier en dNTP en 5’-3’. Il s’agit d’une double hélice antiparallèle relié par les bases azotés avec des ponts hydrogènes (A=T, C≡G). |
| Par qui cette structure a-t-elle été révélé dans des études clés? | Chargaft (1950) : rapport entre les bases = même nombre A/T et C/G. Mais nombre de base pouvait varier entre les différents organismes. Watson et Crick (1953) : publié la double hélice basé sur les travaux de Franklin. |
| Quel est la taille du génome procaryotes, eucaryotes et de l'Homme? | Génome procaryotes : 10^6pb. Ex : E.coli = 4.10^6pb. Génome eucaryotes : 10^7 pour les eucaryotes unicellulaires, 10^11-10^12 pb pour les plantes à fleurs. Génome de l’homme : 10^9pb |
| Quel est l'état de l'ADN dans les cellules fonctionnelles? | Condensé ou superenroulé pour avoir accès aux bases, à l'information. Etats de superenroulement régulé par une famille d’enzyme = topoisomérase. |
| Quel est la première étape de condensation? | ADN entouré autour des noyaux d’histones (= protéines) qui est un octamère composé de 2 H2A, 2 H2B, 2 H3 et 2 H4. Forme structures en collier de perle. Structure très régulière |
| Comment sont composés les histones? | Molécules de très petite taille (300-500aa). Très riches en arginine et lysine. Acides aminées chargé positivement qui permet le fixation à l’ADN. |
| Quel est la deuxième étape de condensation? | Condensation en chromatine de 30nm par l’histone H1 qui se fixe sur le nucléosome, va relier l’autre nucléosome et va rapprocher les deux nucléosomes. |
| Quels sont les deux formes que l'on peut retrouver dans la deuxième étape de condensation? | Sous forme de solénoïde : l’histone se rapproche de l’histone le plus proche. Sous forme zig zag : les histones s’assemblent à l’opposé. |
| De quel façon se fait la condensation dans la deuxième étape de condensation? | De façon coopérative. Si une histone se dissocie d’autres vont se dissocier avec. Cela permet de rendre accessible toute une région en même temps. De même si une histone s’associe, d’autres vont s’associer pour condenser la région. |
| Quels sont les deux types de nucléosomes que l'on peut retrouver dans la deuxième étape de condensation? | En phase : nucléosome même niveau. Zone accessible ou moins accessible = liée histones. Au hasard : zones différentes accessibles en f° des ȼ. Permet déterminer accessibilité d’une rég° et donc l’express° ou pas d’une rég°. Donc la différenciat° ȼr. |
| Quel est la troisième étape de condensation? | Formation de boucle associé à une matrice. Ces boucles font entre 10-150kb/boucle. Les boucles, pour s’associer à la matrice, la région de l’ADN à des séquences caractéristiques avec des points communs difficile à retrouver. |
| Quels sont les principales caractéristiques de MAR (Matrix Attachment Region) dans la troisième étape de condensation? | Entre 20-3000pb ADN coudé ou courbé Riches motif fixat° de topoisomérase II (séparat° 2 brins ADN) Séquences inversées répétées Peu homologie de séquences Accroche in vitro à la matrice nucléaire Elémt transposables miniature (MITE) |
| Quel est la quatrième étape de condensation? | Lors de la division cellulaire. L’ADN n’est pas accessible. Formé par deux chromatides reliées au centromère, à chaque extrémité on a des télomères. |
| Qu'est ce qu'un centromère dans la quatrième étape de condensation? | ADN satellite α (alpha) 170pb répétés en tandem 2000 à 3000 fois. Fonction structurel uniquement. |
| Qu'est ce qu'un télomère dans la quatrième étape de condensation? | Chez les vertébrés il est composé de séquences répétés en tandem, environ 1000 fois. Une queue simple brin qui va faire entrer entre 12 et 15 dNTP et qui va être introduite par une télomérase. |
| Qu'est ce qu'une télomérase dans la quatrième étape de condensation? | Ribozyme = protéine avec un ARN, une ribonucléotide. La télomérase utilise l’ARN pour introduire des séquences répétés. Ce nombre de copies simple brin va déterminer la durée de vie d’une cellule |
| Chez les bactéries et certains archées, comment se fait la condensation de l'ADN ? | Protéines associés au nucléoïdes. Forme des structures plectonéiques. |
| Quels sont les différents types de fixation avec l'ADN? | Histones Certaines protéines sont capables de couder l’ADN Certaines protéines vont entourer l’ADN Certaines protéines vont former des ponts, Ce qui va rapprocher deux séquences d’ADN Motif dans ADN permet fixer protéine spécifique |
| A cause de quoi la fixation de protéine spécifique n'est pas possible par l'ADN? | Site déjà occupé par une protéine Noyau d’histone rend le site inaccessible à l’ADN ADN est enroulé ADN méthylé Protéine est phosphorylée. Attention, ces systèmes ne sont pas fixés et peuvent être déplacé. |
| Qu'est ce que la complexité du génome? Quel est sa taille chez l'Homme? | La complexité du génome est de déterminer en tant que macromolécule comment il est composé. Le génome humain est de 4-5.10^9pb, les être humain ont une capacité fonctionnelle forte. |
| Que peut-on constater sur la complexité du génome? | Plus on augmente dans la complexité du fonctionnement de l’organisme plus on augmente en taille du génome. On retrouve un forte variabilité chez un même organisme. |
| Quel est la différence entre la taille du génome et la complexité du génome? | Taille du génome : nombre de dNTP porté par le génome. Complexité du génome : nombre de pair de base unique, on enlève les séquences répétés. |
| Comment fait-on pour savoir la complexité du génome? | Permet étudier fréquence de répétition. Dénaturation en fonction de la température et on obtient le Tm (50% ADN dénaturé) Se base sur cette propriété d’absorption différentiel entre molécule d’ADN double brin ou simple brin. |
| Quels sont les différents paramètre que l'on peut retrouver pour savoir la complexité du génome? | Force ionique : concentration solution saline donnée Température : fait varier Concentration de l’ADN : a déterminer Temps d’incubation : fait varier Taille des molécules d’ADN : on sait découper des molécules d’ADN d’une taille donnée |
| Comment peut-on déterminer la complexité du génome chez les Procaryotes? | C0T : concentration initiale et le temps Cot1/2 : temps auquel la moitié des molécules sont réassociées, par rapport à leur concentration initiale. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quels sont les trois composantes dans un génome Eucaryote? Que peut-on déduire en connaissant la taille du génome? | Composante rapide : complexité faible Composante intermédiaire : complexité modérée Composante lente : complexité élevée. La complexité de chacune de ces composantes est déterminée par rapport à des références. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quels sont les différents types de séquences? | Séquences faible complexité : hautement répétées Séquences complexité modérée : modérément répétées Séquence haute complexité : pas répétées (ou très peu). |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Comment peut-on savoir s'il s'agit d'une région répétés ou d'une région codante? | ADN a différentes fractions avec des complexités différentes Régions transcrites (ARN) se trouvent dans les parties modérément ou non répétées de l’ADN Les région répétés sont les ARNt, ARNr ou histones. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Comment peut-on faire pour révéler les régions codantes? | Partie non répétitive Réalise réassociation ADN/ARN. ARN s'hybride avec composante non répétée, mais aussi avec composante intermédiaire (ARNr, ARNt, code pour histones). |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quels sont les différentes fractions qui permet de classer le génome? | • En tandem (petites tailles) : ARNr(MR), paralogues (MR), ADN satellites (HR). • Dispersée (partout dans génome) : paralogues, rétro(-pseudo)gènes, ARNt (MR) et transposons à ARN (classe I) et à ADN (classe II). |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quels sont les trois types d'ADN satellites? | ADN satellites (HR) : Tailles variables. Séquence répétée. Dans chromatine condensé. ADN minisatellites (VNTR) : mesure entre 15-500 pb, répétées 10-100 fois pour l’ADN MR. Euchromatine. ADN microsatellites : séquence de 1-13 pb, répétées 10-100 fois. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Dans quoi est utilisé l'ADN microsatellites? | Caractéristiques d’un individu et sont utilisés par la police scientifique pour caractériser un ADN. Chez l’homme, les ADN satellites représentent 3% du génome. Chez le rat kangourou, ils représentent 50% du génome. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : A quoi l'ADN satellites est associés? | Associés à certaines maladies telles que la maladie de Huntington. Maladie neurodégénérative ou la maladie de la fragilité des chromosomes X (autisme, retard mental). |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quels sont les différents types des Transposons de l'ADN répétés dispersés? | • Transposon type II ou à ADN (3% génome) • Transposons type I ou à ARN ou rétrotransposon (RT) o RT à LTR (8%) o RT sans LTR LINE (20%) : ≈5000pb, très fréquent, code pr 2ORF SINE (13%) : inférieur à 500pb, plus fréquent, code pas pr ORF. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Ou sont situé les structures des rétrotransposons à LTR? | Les séquences LTR vont être situées à chaque extrémité et vont contenir des régions permettant la réplication des rétrotransposons (il est possible de créer une particule virale à partir de rétrotransposons à LTR avec une encapsidation in vitro). |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quel est la particularité des rétrotransposons humain? | La plupart des rétrotransposons humain ne sont pas actifs (ils ne sont pas capables de se déplacer), sauf le Line L1 et le SINE Alu. Leur fonction est encore inconnue. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quel est la théorie de l'ADN égoïste/poubelle dans la structure des rétrotransposons à LTR? | RT à LTR seraient rétrovirus ayant perdu gènes codant pr prot de l’enveloppe. Puis perdu f° LTR permet déplacer. Souvent situé au niveau introns 80% des cancers du sein sont dus à des RT situés au mauvais endroit. |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quels sont les différences entre Ty1, Ty3 et Gypsy dans la structure des rétrotransposons à LTR? | Ty1 : On a des LTR 5’ et 3’, deux PBS (priming briding site), un gag et pol Ty3 : plus petit avec pol qui chevauche Gypsy : on a une troisième protéine d’enveloppe |
| La complexité du génome chez les Eucaryotes : Quels sont les conséquences des rétrotransposons dans la structure des rétrotransposons à LTR? | Affecte les promoteur nouveau ou alternatif Régulateur transcription CCAAT box Enhancer la transcription… |
| Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux : Quels sont les caractéristiques de l'ADN extranucléaire? | Transmiss° non mendélienne Ségrégat° somatiq : carac parentaux sécrétés ds ȼ somatiques. Gènes extranucléaires : transcript° et traduct° ds même compartimt Transmiss° monoparentale : Homme, conséquence évolut° = mutat°. |
| Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux : Qu'est ce que l'ADN extranucléaire? | Transcrit et traduit dans son organite. Besoin des gènes du noyau. Transcrites dans le noyau, traduites dans le cytoplasme, puis importées dans la mitochondrie afin d’y exercer une fonction mitochondriale. |
| Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux : Qu'est ce que l'ADN extranucléaire du chloroplaste? | Circulaire 2 régions inversées : Région courte unique (SSC) et région longue unique (LSC) SSC et LSC séparées par 2 séquence IR (a et b) Région codante niveau SSC ARNr chloroplastique -> séquence répétées Possible recombinaison entre IR |
| Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux : Qu'est ce que l'ADN extranucléaire des mitochondries? | Taille variable. Condensation génome mitochondriale. Circulaire. Entièrement codant sauf boucle (Ori + promoteur) Expression brin lourd ADNmito humain |
| Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux : Quels sont les trois transcrit de l'ADN extranucléaire des mitochondries? Au niveau de quel boucle? | Boucle D : 3 transcrit H1 : Transcription 1 ARN, expression un ARNm H2 : Transcription 1 ARNm; permet former transcrit maturé ARNt L : plusieurs transcrit du brin léger |
| Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux : Quel terme permet de définir les maladies associé à des mutation de l'ADN mitochondrial humain? | Mitochondropathie |
| Réplication : Quels sont les caractéristiques? | Duplication de l'ADN. Chez l'Homme, semi-conservative = brin parental et brin néosynthétisé. Mutation empêche le développement 2 mutants : à arrêt lent et à arrêt rapide |
| Réplication : Quels sont les deux expériences sur les mutations? | Expériences de mutations thermosensibles qui délecte des gènes Expériences in vitro de starvation et de complémentation qui font la lyse cellulaire. |
| Réplication : Quels sont les caractéristiques de l'initiation | Séquence riche en AT près de l'OriC DnaA reconnait DnaBox (site GATC) DnaB, DnaC forment complexe = hélicase ADN gyrase réduit la tension SSB maintient brins séparés Amorce crée par primase (ARNpol) Complexe = primosome |
| Réplication : Quels sont les caractéristiques de l'élongation? | Synthèse des deux brins en même temps -> boucle Brin avancé avec une seule amorce Brin retardé -> fragments Okasaki Synthèse en 5'-3' |
| Réplication : Quels sont les caractéristiques de la terminaison? | Séquence de terminaison Ter FtsZ qui dirige les Ori de chaque côté de la cellule Séparation des molécules -> Topoisomérase IV |
| Réplication : Quels sont les deux premier ADN polymérase retrouvé chez les procaryotes? | ADNpol I : Prot monomérique, Réparation de l’ADN, Activité d’élongation 5’-3’, exonucléasique en 5’-3’ et 3’-5’, Retire amorces Okazaki. ADNpol II : activité élongation 5'-3' et exonucléase 3'-5 |
| Réplication : Quel est le troisième ADN polymérase retrouvé chez les procaryotes? | ADNpolymérase III = Réplicase : protéine multimérique, permet la synthèse. Activité élongation 5’-3’, activité exonucléase en 5’-3’ et en 3’-5’. Mutation réplicase empêche réplication et létale. |
| Réplication : Qu'est ce que le système UvrABCD? | Réparation ADN UvrA reconnait mésappariement, UvrB s'y fixe UvrC endonucléase déplace UvrA et coupe 5 nucléotides en amont, 7 en aval (12 dNTP) UvrD hélicase enlève 12 dNTP ADNpol I synthétise le brin Ligase |
| Réplication : Qu'est ce que la réplication en cercle roulant? | Classique des plasmides Endonucléase coupe 1 brin, libère 3' = amorce Déplacement brin non copié Soit réplicase continue et plusieurs polymères (phages) Soit recircularisassions brin parental et néosynthétisé simple brin |
| Réplication : Qu'est ce le nombre liant? Comment évolue-t-il avec les topoisomérases? | Nb liant Lk : nb tour hélice ADN. Etat relâché dépend taille : Lk0=taille/10 Si ΔLk < 0 : moins tours Si ΔLk > 0 : plus tours Topo type I : varie 1 ou n tour, coupure 1 brin, Lk augmente Topo type II : varie 2 ou 2n, coupe 2 brin, Lk baisse |
| Réplication : Quels sont les caractéristiques de la Topoisomérase de type I? | Topo I : codé par topA. Augment Lk pour avoir Lk0. Introduit supertours en amont fourche réplication Topo III : codé par topB. Réplication en cercle roulant Non interchangeables, mais peut prendre fonction autre de façon moins efficace. |
| Réplication : Quels sont les caractéristiques de la Topoisomérase de type II? | Topo II : ADN gyrase. Lk<0. 2su α catalytique codé par gyrA. 2su β ATPasique codé par gyrB Topo IV : su α2 catalytique (parC). β2 (parE). Coupure au site Ter de 2 molécules. |
| Réplication : Qu'est ce que le système de reconnaissance? | Système dam : méthylation ADN néobrin pas méthylé -> reconnaissance et réparation Pas de reconnaissance brin parental, réparation au hasard -> mutations |
| Régulation de la réplication : Quels sont les caractéritiques? | Quantité biomasse minimal nécessaire Si cycle commence, il se finit toujours Se fait au niveau de l'initiation réplication |
| Régulation de la réplication : Qu'est ce que la croissance lente et rapide? | Lente : réplication ADN puis division ȼr Période C = réplication, Période D = division ȼr -> incompressible Concentration DnaA permet démarrage réplication Rapide : démarrage plusieurs cycle réplication en même temps |
| Réplication chez Eucaryotes : Qu'est ce que les ARS et OCR? | ARS : Séquence réplication autonome, il y en a plusieurs avec Ori, pas carac commune entre elles. Complexe OCR fixe sur ARS Tension : séparation 2 brins + démarre fourche bidirectionnelle Réplication coordonnée |
| Réplication chez Eucaryotes : Comment se passe-t-elle? | Niveau condensation ADN détermine réplication Plusieurs ADN polymérases Fragment Okasaki taille très faible Formation rapide nucléosomes Pas mélange histones, octamère ancien ou new Disposition aléatoire histones anciens ou new |
| Structures des gènes : Qu'est ce qu'un gène? | C'est un fragment d'ADN contenant l'information nécessaire pour être transcrit en ARN. |
| Structures des gènes : Qu'est ce qu'un promoteurs? | Site de fixation de l'ADN polymérase. Certains gènes ont le promoteur qui n'est pas en amont des régions codantes. |
| Structures des gènes : Citer ceux en 5'-3' | Promoteur Séquence de tète ou séquence leader impliqué dans la régulation Région codante Séquence terminatrice |
| Structures des gènes : Que signifie les termes polycistronique et opéron? | Polycistroniques (ARNm eucaryotes) : exon et intron -> maturation qui enlève les introns. Opéron (procaryotes) : régions codantes transcrites qui donne les régions codantes et les protéines qui correspondent. |
| Transcription chez les procaryotes : Quels sont les caractéristiques de l'initiation? | ARNpol reconnait promoteur Pas amorce ARN gyrase en amont et topo I en aval ARNpol = 2α+β +β' = α2ββ' α=rpoA, β=rpoB et β'=rpoC ARNpol avec activité hélicase Positionnemt au promoteur grâce σ (rpoD) |
| Transcription chez les procaryotes : Quels sont les caractéristiques du promoteurs? | 2 régions promotrices : -10 (boite Pribnow) et -35. Reconnu par facteur σ. Détermine le +1 de transcription Séquences conservées. |
| Transcription chez les procaryotes : Quels sont les caractéristiques de l'élongation? | Démarrage +1. α2ββ'σ région -55 à +20 ADN. Arrive fragment 8-9 nucléotides, change conformation, σ perd affinité région -55 à -10 (chenille). Bulle de transcription 15-20 nucléotides. Décrochage σ quand ARN = 20 nucléotides. |
| Transcription chez les procaryotes : Quels sont les caractéristiques de la terminaison? | Arrivé pol séquence terminale. rho indépendant : séquence répété inversé riche en GC puis AT. Transcrit = boucle stable. Empêche conformat° pol -> détachemt. rho dépendant = ac facteur rho. Fixat° rho motif ARN, avancemt jusqu'a pol. rho élimine NusA |
| Transcription chez les procaryotes : Quels sont les caractéristiques de l'anti-terminaison? | Pas d'arrêt sur séquence terminatrice Séquence Nus -> fixation facteurs Complexe avec protéine N très fort qui empêche l'arrêt |
| Transcription chez les procaryotes : Quels sont les caractéristiques de l'opéron? | Rég° codantes et non codantes Permet efficacité de la cellule Rég° RBS = fixat° du ribosome ARNm non maturé Transcript° et traduct° en même tmp Tmp de vie très courte des ARNm -> 1/2vie = 2min chez E.coli Codon stop au même endroit que RBS 2ème ORF |
| Transcription chez les procaryotes : Quel est l'avantage de l'opéron? | Transcription identique Même quantité de protéine pour former des complexes Optimisation de l'énergie Augmente de 50% d'efficacité de production d'un complexe |
| Transcription chez les procaryotes : Quels sont les différents ARN produits? | ARNm de taille très variable ARNt de très petite taille, structure particulière = rajout d'acides aminés lors de la traduction. ARNr chez les procaryotes = 5S, 16S, 23S. Chez les Eucaryotes = 5S, 5.8S, 18S, 28S. |
| Transcription chez les eucaryotes : De quoi est composé le noyau de l'ARN polymérase? | 8-10 sous-unités. Se fixe des facteurs de transcription généraux et facteurs transcriptions spécifiques. |
| Transcription chez les eucaryotes : Quels sont les description général de l'ARNpol I et les régions promotrices? | Responsable transcription ARNr 5.8S, 18S et 28S Dans nucléole Représente 80% des ARNtotaux 2 régions promotrices : - Promoteur central = -45 à +1 - UCE = -107 à -180 |
| Transcription chez les eucaryotes : Quels sont les autres caractéristiques de l'ARN polymérase I? | 2 facteurs auxiliaires : - UBF1 = fixat° aux 2 régions - SL1 = fixat° sur UBF1 Permet positionnemt polymérase Transcript° en sapin de noël (ARNns=boule responsable maturat° brin ARN) Méthylases + ribonucléoprotéines = coupure et méthylation de l'ARN |
| Transcription chez les eucaryotes : Qu'est ce qu'un espaceur? | Séquences non transcrites qui peuvent être de taille variable |
| Transcription chez les eucaryotes : Quels sont les caractéristiques de l'ARN polymérase III? | Responsable transcription ARNr 5S, ARNt, ARNns Promoteur interne = +55 à +80 2 facteurs fixe au promoteur : TFIIIA, TFIIIC TFIIIB fixe sur A et B ARNt pas besoin TFIIIA |
| Transcription chez les eucaryotes : Quels sont les caractéristiques de l'ARN polymérase II? | Responsable transcription ARNm et ARNns |
| Transcription ARNm : Comment sont-ils chez les procaryotes | Promoteur, régulation, région codante. Longue région transcrit qui inclus toutes les régions codantes. Mais seuls les RC sont transcrits et traduit en protéines, car on a des RBS. |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Comment sont-ils? | Promoteur, région régulatrice, exon et intron. Long transcrit appelé un ARN hétérogène avec les différents exons. Maturé pour avoir un regroupement des exon. A la fin une seule protéine composé de trois exons |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Quels sont les caractéristiques? | Vient des ARN polymérase II Ont des exons et introns Pré-ARNm moins stable que ARNm (durée de vie courte) Ont besoin d'une maturation |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Quels sont les caractéristiques du promoteur? | En amont du +1 TATAbox = région consensus TATAbinding = protéine fixe sur TATAbox, fait partie TFIID Polymérase + TFIIF reconnait TFIIB et TFIID Phosphorylation facteur H -> signal de détachement région promotrice -> début transcription |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Quels sont les caractéristiques de la coiffe 5'? | Synthétisé dés début transcription -> protection contre nucléases, nécessaire pour traduction. Permet transfert noyau -> cytoplasme => Modification obligatoire |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Quels sont les caractéristiques de la queue polyA? | Ajout post-transcriptionnel Reconnaissance région spécifique par endonucléase coupe 15 nt plus loin. PolyA polymérase -> rajout ATP avec liaison 3'-5'. -> Protection nucléases, stabilité (détermine durée de vie ARNm) => Modification non obligatoire |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Qu'est ce que l'épissage alternatif et l'auto(épissage? | Alternatif : exon sert intron et inversement = Ig Auto-épissage : intron groupe I et II, s'enlève tout seul. Adénosine bien placé permet déplacement liaison avec forme lasso. |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Qu'est ce que l'épissage pas spliceosome? | Intron enlevé par complexe ARNns et prot. U1 = rapproche exon (hybridation). U2 fait sortir A qui libère intron. U6 : ribozyme. U4 : inhibiteur U6. U5 maintient exon à proximité. |
| Transcription ARNm chez les eucaryotes : Pourquoi les introns sont maintenu? | Possèdent avantage. Permet produire, à partir même séquence ADN plusieurs protéines différentes. |
| Traduction procaryotes : Comment est le ribosome? | Complexe ribonucléique ARNr+protéine Région codante proches -> même ribosome mais séparation des 2 SU Polyribosome : plusieurs ribosomes qui traduisent même ARN |
| Traduction procaryotes : Comment se passe l'initiation? | Lente. Reconaisce : séquence RBS = conservé (GGAGG). ARNr 16S = complémtaire. Petit SU reconnait 1er codon. Codon initiateurs : AUG, GUG, UUG ; code méthionine formylé. Petit SU associé IF3, ARNt initiateur associe GTP grâce IF2. Entrée ARNt -> libère IF2 |
| Traduction procaryote : Comment se passe l'élongation et la terminaison? | ARNt + facteur TU. Liaison entre aa par ARN23S. Besoin facteur G + GTP pour translocation. SU SOS avance d'un cran. Facteur TS -> recyclage TU. Facteur terminaison |
| Traduction eucaryote : Comment se passe l'initiation? | Reconait coiffe. eIF3 sur SU 40S, eIF6 sur SU 60S -> maintient séparé. Complexe pré-init° : eIF1A (40S et eIF3), eIF2+GTP sur ARNt initeur. eIFL4 reconait coiffe -> complexe init°. codon initeur = AUG. Coiffe + séquence = fixat° petit SU. Mét non formylé. |
| Traduction eucaryote : Comment se passe l'élongation? | Fixation ARNt = EF1α + GTP -> site amino-acyl Libération facteurs -> changement conformation -> translocation. Cycle qui recommence |
| Traduction eucaryote : Comment se passe la terminaison? | Codon stop. Fixation eRF1 et eRF2 à la place ARNt Dissociation complexe, libération SU et ARN Fixation eIF6 et eIF3 sur SU |
| Traduction : Que sont les sélénoprotéines? | Fixation sélénocystéine à la place codon stop Pas de terminaison ARNt spécifique ARNm = boucle -> SECIS : fixation facteur + protéine spécifique pour introduct° sélénocystéine Potentiel redox Procaryote : Boucle aval codon stop. Eucaryote : plus loin |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il au niveau transcriptionnel? | 2 types : - Négative : régulateur fixe sur opérateur pour bloquer la transcription. - Positive : fixation régulateur nécessaire à la transcription Régulation peut être induite ou répressive |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il au niveau de l'opéron lac? | Régulation négative et inductible. Régulateur = lacI. Inducteur = lactose. Lactose se fixe sur lacI, changemt de conformat° -> pas de fixat° sur opérateur. Régulat° multiple -> diauxie. Si pas de glucose, prot AMPc fixe site CAP -> taux transcript° élevé. |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il au niveau de l'opéron trp? | Régulat° négative par répression. trp = repressur -> fixat° sur régulateur permet fixat° opérateur -> pas de transcript°. [trp] augment ->partie 1-2 et 3-4 -> arrêt transcript° par ribosome {trp] baisse -> ribose arret zone trp, 2/3, transcrpt° continu |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il au niveau de l'opéron maltose? | Régulation positive et inductible. Associat° inducteur-régulateur -> changemt conformat° pour se fixer sur l’opéron. Maltose (inducteur) sur régulateur = fixation opérateur. => Besoin du régulateur pour transcription. |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il au niveau du régulon Pho? | Régulation positive par répression : fixe sur opérateur s'il est phosphorylé par système double composant. Répression = pas de phosphorylation => indirect. |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il au niveau du l'opéron Gal. | Régulation multiple et négative. 2 promoteurs et opérateurs. GalR = régulateur => formation boucle. Inducteur = galactose. |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il avec l'ARN antisens? | Régulation post-transcriptionnel. Hybridation empêche la traduction. |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il avec l'ARN riboswitch? | Selon conformation = traduction ou non Formation d'une structure secondaire => pas de traduction |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il avec l'horloge biologique? | Soleil détermine la régulation. Différents niveaux de phosphorylation. Fonction nuit/jour -> fixation ou non de protéines. |
| Régulation chez les procaryotes : Que se passe-t-il avec le système SOS? | Fragmentation ADN. Régions SOSbox -> fixation LexA permet activation ou non. Activation des systèmes de réparation (ex : uvrA) |
| Régulation chez les eucaryotes : Qu'est que l'amplification sélective? | Amplification sélective d'une région spécifique par réplication. Réplication chaque côté locus amplifier -> zone ARS. Libération ADN circulaire avec gène intérêt. Phénomène rare. |
| Régulation chez les eucaryotes : Qu'est ce que le réarrangement? | Réarrangement des séquences ADN impliquées dans production anticorps. Phénomène rare et spécifique. |
| Régulation chez les eucaryotes : Qu'est ce que le contrôle au niveau de la transcription? | Activation/Induction avec facteurs transcription. Répression peu fréquent. Méthylation de l'ADN = épigénétique. Structure de la chromatine. Enhancer = séquences de fixation de répresseurs. Represseur répriment activité des activateurs. |
| Régulation chez les eucaryotes : Qu'est ce que le contrôle au niveau de la répression? | Fixation répresseur + activateur -> région commune = compétition. Interactions directs à différents niveaux (sites de fixation ou activateur directement) |
| Régulation chez les eucaryotes : Qu'est ce que le contrôle au niveau de la maturation/épissage? | Possibilité intron reste ou soit enlevé. Stabilité ARNm altéré. Traduction différentes après épissage donne protéine avec activité varié. |
| Régulation chez les eucaryotes : Qu'est ce que le contrôle au niveau de la traduction? | Régulé par RNT. Signalisation région non traduites 5'-3'. |
| Plasmides : Quels sont les caractéristiques? | Chez eucaryote. Pas tous des vecteurs. Indépendant chromosome. Molécule extrachromosomique taille variable, inversemt proportionnel nb copie. Ori (réplicat° autonome). Circulaire ou linéaire. Pas obligatoire pr survie molécule. Mono/multicopie. |
| Plasmides : Que sont les facteurs de la diversité génomique? | Plasmide confèrent certaines capacités métaboliques ou sont éliminé. Permet mobilité de l'information génétique. Plasmide peut être intégré aux chromosomes. |
| Plasmides : Qu'est ce qui permet son maintien et sa propagation? | Pression de sélection qui obliger la multiplication sinon cellule meurt. |
| Plasmides : Qu'est ce que le maintien par le système de maintien parMRC? | parC = séquence ADN équivaut centromère. parM = équivaut actine. parR se fixe sur parM, fixe sur molécules plasmides filles. Amène plasmide chaque coté pour division cellulaire. |
| Plasmides : Qu'est ce que le maintien par le système poison-antidote? | Petit plasmide et multicopie. Code 2 gènes : sok (toxine) protéine codé par anti-sens et hok (antidote). Transcrit HOK ARN stable, SOK plus efficace. Si plus cellule, gène sok dégradé, hok transcrit protéine provoque mort cellule. |
| Plasmides : Qu'est ce que la propagation par conjugaison? | Par conjugaison ou transformation(aquière ADN). Plasmide auto-transférable, synthétisation pili rapproche 2 cellules pour transfert information. Plasmide mobilisable, après conjugaison, reçoit que plasmide mobilisable. Plasmide spectre étroit ou large. |
| Transposons : Quels sont les caractéristiques? | Procaryote/Eucaryote. Dépend chromosome. Elément sautant non autonome. Pas Ori. Associé ADN. Mobilité et plasticité génomique. Possible affection du fonctionnement cellule. |
| Transposons : Quels sont les différents types de transposons? | Séquences d'insertion : gène code transposase, bordé séquence IR (répété inverse) et séquence répété directe. Transposons composites : Type I = 2 séquences insertion avec ADN code X gène Type II = gène code transposase, résolvase et séquence RES |
| Transposons : Qu'est ce que la transposition conservative? | Nb transposon varie pas. Sort site donner et s'insère site cible. Comme pour séquence insertion (IS) et transposon type I. Coupure transposase ADN cible. Sorti site donneur. Formation cointégrat. |
| Transposons : Qu'est ce que la transposition réplicative? | Transposons de type 2. Transposase reconnait transposon et séquence cible. Coupure. création cointégrat. Relie 2 copie transposon, réplication et résolution par recombinaison. Résolvase responsable recombinaison au niveau RES. |
| Transposons : Qu'est ce que la rétro-transposition? | Transposition réplicative avec un intermédiaire ARN. Transposon transcrit en ARN puis rétrotranscription s'insère dans le site cible. |
| Intégrons : Quels sont les caractéristiques? | Procaryote. Ingère génome bactérien. Récupère ADN. Codé par intI amplifié par attI. Cassette plus proche intégron sont intégré en dernier, plus expression forte. |
Created by:
Julie.Lam
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