Help
Options
Didn't know it?
click below
click below
Knew it?
click below
click below
Don't Know
Remaining cards (0)
Know
retry
shuffle
restart
0:00
Embed Code - If you would like this activity on your web page, copy the script below and paste it into your web page.
Normal Size Small Size show me how
Normal Size Small Size show me how
Bioinformatics
Exam
| Question | Answer |
|---|---|
| Bioinformatikos sritys | Sekų analizė Genų raiškos analizė Reguliavimo analizė Vėžinių ląstelių genetinių pakitimų analizė Biologinių sistemų modeliavimas Baltymų sąveikų modeliavimas Genomų anotacija Evoliucinė biologija Palyginamoji genomika Baltymų struktūros prognozė |
| Gyvųjų organizmų klasifikacija | • Bakterijos (Bacteria) • Pirmuonys (Protozoa) • Chromistai (Chromista) • Grybai (Fungi) • Augalai (Plantae) • Gyvūnai (Animalia) • Vienaląsčiai • Daugialąsčiai • Eukariotai • Prokariotai |
| Pagrindinės gyvųjų organizmų molekulės | • Vanduo • Baltymai (proteinai) • Oligosacharidai ir polisacharidai • Lipidai (riebalai) • Nukleorūgštys |
| Baltymų funkcijos | • Katalizinė funkcija • Medžiagų pernašos funkcija • Struktūrinė-atraminė funkcija • Apsauginė funkcija • Reguliacinė (augimo ir audinių diferenciacijos) funkcija • Susitraukimo funkcija (cheminę energiją į mechaninę) • Maistinė-energetinė funkcija |
| Iš kiek amino rūgščių sudaryti baltymai | 20 |
| Pirminė baltymo struktūra | Linijinė seka |
| Antrinė baltymo struktūra | • α spiralės • β lakštai • kilpos |
| Nukleorūgščių paskirtis | • Atsakingos už genetinės informacijos laikymą • Dalyvauja baltymų sintezėje |
| Nukleorūgščių tipai: | DNR (Dezoksiribonukleorūgštys), RNR (Ribonukleorūgštys) |
| Išvardinkite keturias DNR sudarančias nukleorūgštis | • Citozinas ir guaninas • Adeninas ir timinas (urocilas) |
| RNR tipai ir f-ijos (2 pirmos) | • iRNR (informacinėRNR) skirta “tarpininkauti” gaminant baltymus (perneša informaciją nuo DNR iki ribosomų) • rRNR (ribosominėRNR) tarnauja kaip baltymų gamykla-konvejeris (vyksta baltymų sintezė) |
| RNR tipai ir j-jos (2 paskutines) | • tRNR (transportinėRNR) atneša reikalingas amino rūgštis prie rRNR (perneša amino rūgštis iki ribosomų) • Ribozimai - katalizinę funkciją turinti RNR |
| Kaip nurodomas DNR ilgis: | bazių porų skaičiumi |
| DNR struktūra: | • Spiralinė • Nukleotidai visada eina poroje |
| Kur saugomas DNR eukariotuose | Branduolyje, chromosomose, stipriai susipakavusi |
| Kaip vadinamas chromatino pagrindinis struktūrinis vienetas: | Nukleosoma |
| Pagrindinė ląstelės branduolio dalis | Chromosoma, sudaryta iš branduolio sultyse esančios medžiagos chromatino |
| Paveldimosios informacijos nešėjas | Genas (vadinami tiek pagal koduojamą baltymą, tiek pagal funkciją) |
| Kiek genų turi žmogus ir kokią dalį genomo jie sudaro? | 20000-30000, 1,5% (prokariotuose 90%) |
| Kiek genų turi minimalus genomas? | 300-500 genų |
| Operonai | Vienas paskui kitą einantys genai, kurie koduoja kokiai nors funkcijai reikalingus baltymus (prokariotuose) |
| Egzonas | Koduojanti geno dalis |
| Intronas | Nekoduojanti geno dalis, kuri yra išmetama transkripcijos metu |
| Kodavimas iš DNR į RNR vadinamas: | Transkripcija |
| Procesas iš RNR į baltymus | Transliacija |
| Kokio proceso metu iš vieno geno galima gaminti skirtingas iRNR: | Iškarpymo (splicing‘o) |
| Kaip koduojamos amino rūgštys | Viena amino rūgštis koduojama trimis nukleotidais - kodonais |
| Sekos skaitymo rėmeliai | DNR Yra 6: 3 viršutinėje gradinėje, 3 apatinėje grandinėje (RNR – 3 rėmeliai) |
| Atviras skaitymo rėmelis | DNR fragmentas, kuriame nėra stop kodonų, vadinamas atviru skaitymo rėmeliu arba ASR (angl. open reading frame, ORF) |
| Transliacijos etapai | • Iš pradžių iRNR prisikabina prie ribosomos • Tada ribosoma juda ant iRNR • tRNR atneša amino rūgštis • Sutikus “Stop” kodoną transliacija sustoja, baltymas paleidžiamas • Paleistas baltymas apdrojamas, tinkamai sulankstomas |
| Entrez paieškos sintaksė | term [field] OPERATOR term [field] • “term” yra paieškos žodis ar sakinys • “field” nurodo paieškos kriterijų • OPERATOR yra vienas iš trijų loginių AND, OR, NOT operatorių. Būtinai didžiosiomis raidėmis [ORGN] – organizmas |
| Duomenų bazių tipai | • Nukleotidų sekų duomenų bazės • Baltymų sekų duomenų bazės • Baltymų struktūrų duomenų bazės • Medicininės informacijos duomenų bazės • Metabolinių procesų duomenų bazės |
| DNR (RNR) sekų bankai | • Europoje – EMBL nukleorūgščių sekų bankas (angl. European Molecular Biology laboratory). • Amerikoje – GenBank nukleorūgščių sekų bankas • Azijoje – DDBJ nukleorūgščių sekų bankas (angl. DNA Data Bank of Japan) |
| GenBank dalys | • dbEST • dbSTS • dbGSS |
| EST | • Expressed sequence tags, ekspresuojamų sekų žymenys, trumpos, 300-500nt cDNA unikalios sekos iš iRNR • Suteikia duomenis apie tam tikru momentu ląstelėje ekspresuojamus baltymus. |
| STS | • sequence tagged sites, seką žyminčios vietos, trumpos genominės sekos • Unikalios, turi specifinę vietą genome, naudojamos sekvenuojamų sekų “pririšimui” prie genomo . |
| GSS | • Genome Survey Sequences, genominių tyrimų sekos • Trumpos genominės DNR sekos, apie kurias mažai žinoma, tai mažai apdoroti sekoskaitos duomenys |
| RefSeq | Prižiūrima DNR, RNR ir baltymų sekų duomenų bazė, duomenys nesikartojantys, redaguoja NCBI |
| Populiariausi duomenų formatai | • GenBank • EMBL • FASTA |
| RefSeq įrašo ID – accession tipai | • NT_123456 sukonstruotas genominis kontigas • NM_123456 iRNR (mRNA) • NP_123456 baltymai • NC_123456 chromosomos |
| Baltymų duomenų bazės | • ENZYME • Uniprot |
| Baltymų šeimų duomenų bazės | Pfam |
| Pfam duomenys | • Pagr. Funkcijos • Šeimos narių palyginimai • Domenai • Sąveikos • Funkcinės vietos |
| Kaip pavaizduojamas sekų palyginimas? | Taškinė „matrica“ |
| Panašumų paieškos metodai | • Dinaminis algoritmas • Smith-Waterman algoritmas • FASTA algoritmas • BLAST algoritmas |
| Kuo pasižymi panašumų paieškos metodai | greitis -> tikslumas <- |
| Nukleotidų ar baltymų sekos sąryšio įvertis | Panašumas (similarity)% |
| Dviejų sekų invariantiškumo (visiška arba dalinė nepriklausomybė nuo aplinkos veiksnių) lygis | Identiškumas (identity) % |
| Panašumas susietas su bendra kilme | Homologija (homology) |
| Globalus palyginys | Globalus palyginys yra toks, kuris turi visus vienos sekos simbolius. Svarbu kad visa seka būtų panaši. |
| Lokalus palyginys | Lokalus palyginys laiko tik labiausiai panašius regionus (pvz BLAST algoritmas). Svarbu kad atskiri segmentai būtų kuo labiau panašūs vienas į kitą. |
Created by:
100000178911243
Popular Biology sets