Help
Options
Didn't know it?
click below
click below
Knew it?
click below
click below
Don't Know
Remaining cards (0)
Know
retry
shuffle
restart
0:00
Embed Code - If you would like this activity on your web page, copy the script below and paste it into your web page.
Normal Size Small Size show me how
Normal Size Small Size show me how
Replikacja
| Question | Answer |
|---|---|
| Jak wiąże się adenina z tyminą, a jak cytozyna z guaniną? | A-T - dwa wiązania wodorowe, G-C - trzy. |
| Jakie formy może przybierać DNA? | A-DNA, B-DNA i Z-DNA. |
| Skąd wynikają różnice strukturalne między helisami A i B? | Różna konformacja reszt deoksyrybozowych. |
| Co tworzy mały rowek? | Do małego rowka skierowany jest atom tlenu przy węglu pirymidyny oraz atom azotu puryny danej pary zasad. |
| Co tworzy duży rowek? | Znajduje się w nim metylowa grupa tyminy. Po przeciwnej stronie niż mały rowek. |
| Po co istnieją rowki w helisie DNA? | Ponieważ pokryte są grupami zdolnymi do tworzenia wiązań wodorowych mają możliwość tworzenia specyficznych oddziaływań z białkami bez zaburzania struktury DNA. |
| Dlaczego istotna jest znajomość helisy A? | Gdyż jest ona bardzo podobna do dwuniciowego RNA, hybryd DNA-RNA, co daje wgląd w ich funkcjonowanie. |
| Czym charakteryzuje się A-DNA? | Jest prawoskrętna, ma strukturę podobną do dwuniciowego RNA, nici są antyrównoległe, a pary zasad są odchylone od położenia prostopadłego względem osi. |
| Czym charakteryzuje się B-DNA? | Ma bardzo szeroki i głęboki duży rowek, jest prawoskrętna, ma 10,4 zasady na obrót, nici są antyrównoległe. |
| Czym charakteryzuje się Z-DNA? | Szkielet cukrowo-fosforanowy tworzy zygzakowaty wzór, faworyzowane jest naprzemienne występowanie puryn i pirymidyn, lewoskrętna, nici są antyrównoległe. |
| Jaka jest ogólna zasada funkcjonowania polimeraz DNA? | Dodają deoksyrybonukleotydy do końca 3'-hydroksylowego primera, używając nici macierzystej jako wzorca. |
| Jaka jest rola Mg2+ w reakcji katalizowanej przez polimerazę DNA? | Stabilizuje powstawanie wiązania fosfodiestrowego, formuje most między 3'-hydroksylową grupą primera a fosforanem dNTP, stablilizuje ujemny ładunek odchodzącego pirofosforanu, który pochodzi z dNTP. |
| Jaka jest rola helikaz w replikacji DNA? Czy wymagają ATP? | Podwójna nić DNA jest stabilna w temperaturze fizjologicznej i helikazy są niezbędne, aby rozpleść helisę. Do tego procesu niezbędne jest ATP. |
| Na co może mieć wpływ zwijanie się DNA w struktury superhelikalne? | Na ruchliwość elektroforetyczną, na właściwości sedymentacyjne, na wrażliwość nici na rozplatywania, na powinowactwo wiązania się z białkami |
| Czym są topoizomery DNA? | Cząsteczki DNA, które różnią się od siebie tylko liczbą wiązań. Mogą być rozdzielone poprzez elektroforezę, mają identyczną masę cz., są izomerami topologicznymi lub spacjalnymi. |
| Jak działają topoizomerazy? | Zmieniają liczbę wiązań topozimerów, rozrywając i sklejając wiązania difosfoestrowe. Tworzą kowalencyjne intermediaty z DNA, mogą tworzyć ujemne superskręty DNA z formy relaxed. Odpowiadają za oddzielanie kołowych chromosomów po replikacji. |
| Czym charakteryzuje się polimeraza I? | Zaangażowana jest w replikację, wymaga primera i nici macierzystej, zaangażowana w naprawę DNA, usuwa primer i uzupełnia lukę podczas replikacji. |
| Jaka jest funkcja polimerazy III? | Zaangażowana w replikację, wymaga primera i macierzy, tworzy większość wiązań fosfodiestrowych podczas replikacji. |
| Czym charakteryzuje się replikacja DNA u E.Coli? | Zaczyna się w widełkach replikacyjnych w dokładnym miejscu inicjacyjnych chromosomu, i przebiega w dwóch kierunkach. |
| Jaką aktywność ma polimeraza III? | Aktywność 3'->5' egzonukleazowa |
| Jakie jest znaczenie podjednostki Beta2 DNA polimerazy III w procesywności syntezy DNA? | W obecności obręczy tworzonej przez tę podjednostkę polimeraza DNA wiąże się z DNA i porusza wokół matrycy. |
| Jak działa ligaza DNA? | Tworzy wiązanie fosfodiestrowe. Zaangażowana w procesy replikacji, naprawy i rekombinacji. Wymaga obecności kofaktora (NAD+ lub ATP). |
| Dlaczego synteza RNA jest niezbędna w syntezie DNA u E.Coli? | Ponieważ polimerazy DNA są niezdolne do tworzenia łańcuchów DNA de novo wymagają primera z końcem 3'-OH. Krótkie odcinki RNA są używane jako primery aby rozpocząć replikację na nici prowadzącej. |
| Jak działają widełki replikacyjne? | Początek rozwijania nici DNA. |
| Czym jest miejce OriC? | Początek rozwijania nici DNA, wiąże białka dnaA, dnaB i dnaC, miejsce inicjacji syntezy DNA. |
| Jak syntetyzowana jest jest nić prowadząca? | Syntetyzowana jest w sposób ciągły. |
| Czym charakteryzuje się nić opóźniona? | Kierunek syntezy jest odwrotny do ruchu widełek replikacyjnych, jest syntetyzowana w sposób nieciągły. |
| Jak syntetyzowane są fragmenty Okazaki? | W sposób ciągły, ale kierunek syntezy jest odwrotny do ruchu widełek replikacyjnych. |
| Jak działa dnaB helikaza? | Rozplata nici w miejscu inicjacji replikacji wraz z dnaA i dnaC. |
| Czym jest ssb? | Single strand binding protein - NIE ENZYMY, ich zadaniem jest stabilizacja DNA, uniemożliwiają reasocjację rozdzielonych przez helikazę dnaB nici, nie są specyficzne. |
| Jak działa gyraza DNA? | Rozluźnia pozytywne superskręty, hydrolizuje ATP aby zmniejszyć liczbę wiązań w DNA. |
| Jak działa prymaza? | Jest polimerazą RNA, sytetyzuje primer RNA. |
| Jak działa DNA polimeraza III? | Syntetyzuje większość DNA. |
| Jak działa podjednostka sigma DNA polimerazy III? | Wykonuje proofreading większości zsyntetyzowanego DNA. |
| Jak działa DNA polimeraza I? | Kierunek syntezy jest odwrotny do ruchu widełek replikacyjnych, uzupełnia luki w miejscu, gdzie istniało RNA, zawiera aktywność 5'->3' egzonukleazową, która usuwa primery DNA. |
| Dlaczego antybiotyki takie jak novobiocyna, ciprofloxin które powodują inhibicję gyrazy są skuteczne w leczeniu infekcji u ludzi? | Gdyż ludzie nie mają enzymu takiego jak gyraza. Antybiotyki te powodują, że gyraza nie może likwidować pozytywnych superskrętów i umożliwić działanie widełek replikacyjnych. |
| Skopiowanie końców liniowego, podwójnego DNA stanowi problem. Co go powoduje i jak został on rozwiązany? | Ponieważ polimeraza DNA przesuwa się tylko w kierunku 5'->3' a nici są antyrównoległe, nie jest możliwe usunięcie startera i synteza komplementarnego do niego fragmentu. Dlatego istnieją telomery bogate w puryny i telomerazy. |
| Czym jest telomeraza? | Polimeraza DNA zależna od RNA, która ma swój własny starter RNA, więc może sama zakończyć replikację, dosyntetyzowując brakujący koniec 3' po usunięciu startera. |
| Dlaczego mówimy, że replikacja jest procesem semikonserwatywnym? | DNA nie może powstawać de novo, musi być nić matryca |
| Co jest budulcem do syntezy DNA? | Reszta kwasu fosforanowego, pentoza, zasada azotowa |
| Skąd pochodzi energia do syntezy DNA? | Z hydrolizy dNTP i hydrolizy uwolnionego pirofosforanu. |
| W jakim kierunku jest wydłużany łańcuch polinukleotydowy? | W kierunku 5'->3' |
| Jaki enzym jest holoenzymem? | Polimeraza DNA III. |
| Czym jest IHF? | Imigration host factor. Czynnik regulujący inicjację replikacji. |
| Czym jest FIS? | Factor for invertion stimulation. Regulatory inicjacji replikacji. |
| Czym jest prymasom? | Kompleks preinicjacyjny, składający się dnaA, dnaB, dnaC i ssb. |
| Do jakich sekwencji oriC wiązą się białka dnaA, których celem jest rozplecenie DNA? | Do fragmentu 9bp, gdyż występują tam różne zasady, nie tylko pary AT. |
| Jaka jest rola dnaA? | Tworzy kompleksy z monomerów i ATP. Rozplata DNA w obrębie oriC. |
| Jaka jest rola dnaB? | Zrywa wiązania wodorowe w dwuniciowym DNA, rozdzielając nici, wykorzystuje hydrolizę ATP do zmiany kształtu cząsteczki. |
| Na czym polega aktywność nukleazowa 5'->3'? | Nick repair, usuwa conajmniej część fragmentów wcześniej dołączonych do matrycy. |
| Na czym polega aktywność egzonukleazowa 3'->5'? | Proofreading, odcinanie nukleotydu na końcu 3'. |
| Która polimeraza charakteryzuje się akt. egzonukleazową 5'->3'? | Polimeraza DNA I. |
| Czym jest procesywność? | Zdolność do wytwarzania fragmentów polinukleotydowych o określonej długości zanim nastąpi terminacja reakcji. |
| Jak działają topoizomerazy typu I? | Tną tylko jedną nić, przeciskają drugi łańcuch przez powstałą przerwę i ligują. |
| Jak działają topoizomerazy typu II? | Tną obie nici, przeciśnięty zostaje cały łańcuch. |
| Jakie są 3 etapy replikacji? | Inicjacja, elongacja, terminacja. |
| Gdzie ma miejsce terminacja replikacji? | Naprzeciw OriC, sekwencje Ter. |
| Jak regulowana jest replikacja u prokaryota? | Poziom białka dnaA, całkowita metylacja oriC. |
| Ile jest miejsc replikacji u prokaryota, a ile u eukaryota? | P - 1, E - wiele. |
| Jakie komórki produkują telomerazy? | Komórki zarodkowe, macierzyste szpiku kostnego, jelit, komórki nowotworowe. |
| Z czym związany jest problem topologiczny związany z replikacją DNA? | Rozwijanie podwójnej helisy i rotacji cząsteczki DNA. |
| Jakie określenie opisuje taką aranżację topologiczną, która zapobiega rozdziałowi DNA podwójnej helisy bez jej rozwijania? | Paranemiczna. |
| Jaki badacz zaproponował jako pierwszy model "przecinania i łączenia" w celu rozwiązania problemu topologicznego replikacji DNA? | Delbruck. |
| Jakie rodzaje cząsteczek DNA ulegają kopiowaniu wg metody obracającego się koła? | Genomy niektórych bakteriofagów. |
| Jaka jest rola startera w syntezie DNA? | Dostarczanie reszty 3'hydroksylowej jako miejsca dołączania następnego nukleotydu. |
| Jakie aktywności nukleolityczne wykorzystują polimerazy DNA w celu zapewnienia kontroli prawidłowości dołączania nukleotydów podczas syntezy DNA? | Aktywność 3'-5' i 5'-3' |
| Które białka zapobiegają degradacji lub reasocjacji jednoniciowego DNA w obrębie widełek replikacyjnych? | SSBP. |
| Jaki enzym usuwa w komórkach bakterii startery DNA obecne na początku każdego fragmentu Okazaki na nici opóźniej? | Polimeraza I DNA. |
| Jakie białko bierze udział w rozdzieleniu dwóch szczepionych nici podczas terminacji replikacji DNA u E.Coli? | Tus. |
| W jakim stadium cyklu komórkowego zachodzi replikacja DNA? | S |
| Kiedy i jak białko dnaA wiąże się z miejscem inicjacji replikacji DNA u E.Coli? | Łączy się z miejscem OriC, wtedy kiedy DNA jest zwinięta w superzwoje ujemne. |
| W jaki sposób widełki replikacyjne rozpoczynają syntezę DNA w miejscu inicjacji DNA w komórkach E.Coli? | Po rozdzieleniu się nici do powstałego oczka przyłączany jest prymasom. DnaB powoduje przerywanie wiązań wodrowych i rozszerza obszar jednoniciowy w obrębie miejsca inicjacji. |
| Jakie funkcje są przypisane podjednostce α polimerazy III u E.Coli? | Aktywność polimeryzacyjne. |
| Jakie funkcje są przypisane podjednostce β polimerazy III u E.Coli? | Działa jak przesuwająca się klamra, utrzumując na matrycy rdzeń polimerazy III. |
| Jakie funkcje są przypisane podjednostce ε polimerazy III u E.Coli? | Aktywność egzonukleolityczna. |
| Jakie białka i jakie sekwencje DNA uczestniczą w terminacji replikacji genomu u E.Coli? | Sekwencje terminatorowe, białka Tus. |
| Dlaczego końce chromosomów lineralnych ulegają skracaniu podczas kolejnych rund replikacyjnych? | Ponieważ końcowy 3' odcinek DNA nici opóź. nie może być skopiowany. Nie może tam zostać zainicjowany starter końcowego fr. Okazaki, gdyż jego miejsce znajdzie się matrycą. Brak ten spowoduje, że nowa kopia nici opóźnionej będzie krótsza, niż być powinna. |
| W jaki sposób aktywność telomerazy podlega regulacji u eukaryota? | Białko TRF1 (telomeric repeat factor) indukuje formowanie się zwiniętej struktury chromatyny, która zapobiega dołączaniu się enzymu telomerazy do końców chromosomów. |
| W jaki sposób zmiany w ekspresji drożdżowego białka Cdc6p wpływają na regulację replikacji jego genomu? | Gdy gen kodujący białko Cdc6p ulega represji, nie może powstać kompleks prereplikacyjny. Gdy ten gen ulega nadekspresji, wtedy zachodzi wielokrotna replikacja genomu przy zupełnym braku mitozy. |
| Jakie dwa rodzaje trudności występują podczas replikacji DNA z udziałem polimerazy DNA? | Polimeraza może poruszać się tylko w jednym kierunku (5'->3'), co powoduje, że nić opóźniona musi być syntetyzowana w sposób nieciągły. Nie może działać bez startera - jest syntetyzowany przez prymazę. |
| W jaki sposób sąsiadujące fragmenty Okazaki ulegają połączeniu podczas replikacji DNA na nici opóźnionej? | Polimeraza III DNA nie zawiera aktywności egzonukleazowej 5', ulega więc dysocjacji z nici opóźnionej w momencie napotkania następnego frag. Okazaki. Miejsce jej zajmuje polimeraza I, która ma tę aktywność, więc może usunąć starter i rozpocząć syntezę. |
| Jaki będzie skład nici w przypadku modelu replikacji semikonserwatywnej? | 2x Jedna nić rodzicielska i jedna nowa. |
| Jakie będzie skład nici w przypadku modelu replikacji konsewatywnej? | Jedcza cząsteczka - 2xnowe DNA, druga - 2xnici rodzicielskie. |
| Jakie enzymy uczestniczą w syntezie łańcucha DNA na matrycy nici wiodącej u eukaryota? | Prymaza syntetyzuje starter zawierający 8-12 nukleotydów. Odcinek ten jest wydłużany przez polimerazę DNA α, która dodaje kolejne nukleotydy. Pozostała część nici jest syntetyzowana przez polimerazę δ. |
| Gdzie występuje replikacja metodą przemieszczającej się pętli? | Zwierzęcy mitochondrialny DNA. |
Created by:
gruszkowa